1942 年初，日军发动了对缅甸的进攻，战火蔓延至毛淡棉。当时，日军飞机对城市进行了猛烈的轰炸，而显眼的西式教堂成为了显著的目标。在无情的轰炸中，教堂建筑遭受了严重的破坏，一半的建筑被炸毁，昔日的辉煌不再。

    缅甸全境收复之后，曾有人建议政府出资维修这座教堂，报告到曼德勒后，就被驳回了。孙义成怎么可能会答应修什么教堂，对于什么教、什么派的他最反感和讨厌了，下令给毛淡棉地方官员，以教堂已经成为危险建筑物为由，将其强行拆除。然后在拆除后的地址上修建毛淡棉市政府办公大楼。