军指挥，下辖第5、9飞行师团（2个飞行群）、第55航空师团、独立第10飞行群等部队，司令官一直都由木下敏担任。

    最初的第三航空军实力雄厚，各种飞机多达八百余架。随着太平洋战争的进行，大量优秀飞行员和战斗机被抽调参战，到四四年的第三航空军，虽然部队番号齐全，但飞机已经不及原来的一半，且都是老旧型号，资深飞行员也没有多少。