隨著小笠原家在盐尻岭之战、村井原之战等战事之中的接连战败，就使得筑摩郡的桐原城、瀨黑城、浅间城、塔原城、青柳城、万西城、岛立城、西卷城等地的守將不是望风向武田军投降，就是直接不战而逃。

    这就使得小笠原家所面临的形势更加孤立以及岌岌可危。

    经过再三权衡，小笠原长时深知自己无力继续坚守本据林城，就决定主动將林城放弃，与小笠原信定、小笠原贞种（小笠原长时之弟）、小笠原统虎（小笠原长时之弟）、藤泽赖亲等人以及自己的家眷，一同前往家中重臣二木重高的居城中塔城（中洞城）来暂避武田家的兵锋。

    中塔城位於筑摩郡与安曇郡的深处山谷之中，易守难攻，城中存粮更是可以两千余人食用数年之久。

    小笠原长时打算先躲藏在中塔城之中伺机而动，並派遣使者上洛，通过担任足利將军家奉公眾的同族小笠原稙盛（京都小笠原家家督），来向足利將军家献上太刀、骏马，意图让足利將军家来介入信浓的战事，为小笠原家斡旋调停与武田家之间的战事。

    但武田晴信在接收林城之后可不希望小笠原长时再捲土重来，他直接下令將林城破却，將林城拆下的材料用於加固扩建位於林城西北方的深志城，意图將深志城作为將来进出安曇郡的重要桥头堡。

    至此，筑摩郡、南安曇郡大部分地区落入了武田晴信的手中，武田家与上杉家的领国正式接壤。

    而从小笠原长时放弃林城的那一刻起，信浓守护小笠原家就等同於灭亡。

    天文十六年，三月末。

    当小笠原长时派往越后求援的使者抵达颈城郡府中御馆后不久，安曇郡郡司斋藤朝信、安曇郡郡代仁科春盛（饭森春盛）、小川城城主登坂清忠等人也纷纷派遣使者前来告急。

    而这时的清定才与家中重臣们一同先后参謁完米山寺、国分寺、本誓寺等位於颈城郡的诸多寺院神社，他在获知此事后並没有声张，反而是做出了以下安排：长尾景虎率左龙捷备两千余军势越山南下至上野与武藏两国的境目地带，负责护送香沼姬至越后颈城郡；

    原刈羽郡郡司、琵琶岛城城主八条春纲转封至上野平井城，领有两万石知行地（指出检地），改任担任平井金山（日野金山）奉行、绿野郡郡司等职；

    鸟坂山城城主桃井义孝转封至陆奥安积郡高玉城，领有一万一千石知行地，並担任安积郡郡司、高玉矿山奉行等职；

    利根郡郡代八条能重於沼田松丸元服之前担任利根郡郡司、下野足尾铜山奉行；

    原川奉行、坂户城城下町奉行樋口兼丰受封上野田部井城，领有九千石知行地（指出检地），並担任势多郡郡司、检地奉行等职，负责对上野一国进行检地，正室直江藤（直江亲纲之女，直江景纲之妹）担任越后太郎丸乳母；

    中岛馆馆主穴泽氏清担任上野名胡桃城城代，率三百名常备足轻进驻名胡桃城，並担任势多郡郡代；

    岩付城城主太田资正担任武藏守护代、琦玉郡郡司、足立郡郡司、横见郡郡司、丰岛郡郡司等职；

    箕轮城城主长野业正担任上野守护代、群马郡郡司、片冈郡郡司、那波郡郡司等职；

    足利城城主长尾宪长担任下野守护代、足利郡郡司、梁田郡郡司等职；

    国峰城城主小幡景定担任甘乐郡郡司、碓冰郡郡司等职，小幡氏一门总领如故；

    唐泽山城城主佐野泰纲担任安苏郡郡司；

    新田金山城城主横瀨成繁担任新田郡郡司、邑乐郡郡司、山田郡郡代等职；

    白井城城主长尾宪景担任群马郡郡代；

    总社城城主长尾显景担任那波郡郡代（后由其次男长尾景总继任，长男长尾景孝前往越后担任上杉清定马廻眾）；

    岩柜城城主斋藤宪广担任吾妻郡郡司；

    羽根尾城城主羽尾幸全担任吾妻郡郡代；

    忍城城主成田长泰担任琦玉郡郡代、大里郡郡司等职；

    御岳城城主安保泰广担任秩父郡郡司；

    深谷城城主上杉宪贤担任榛泽郡郡司；

    羽生城城主广田直繁担任邑乐郡郡代；

    安中城城主安中重繁担任碓冰郡郡代；

    大石纲元担任作事奉行，前往信浓，负责对小川城、仁科城、饭山城、平仓城等地进行加固扩建；

    大石芳纲担任检地奉行，协助樋口兼丰对上野一国进行检地；

    千叶采女佑仍担任平井城城下町奉行；

    三户景道担任道奉行，负责整备拓宽上野一国的道路；

    ······

    儘管清定已经继承了山內上杉家的家名，以及担任关东管领兼越后、越中、佐渡、上野、下野、常陆、岩代等国守护职，但在关东八国的根基並不深厚。

    所以，清定为了不葬送大好局面，不得不对原山內上杉家的重臣、旗下国人领主进行