府还强迫天主教徒隶属某一佛寺；许多教徒因拒绝而被处死。传教士也遭到杀害，但是，区别商业活动和宗教活动往往是很困难的。因此，日本人采取了进一步的行动。1624年，驱逐所有西班牙人；西班牙人以往最目中无人，看去最富有侵略性。1637年，强迫所有葡萄牙人离境，仅留下了荷兰人；荷兰人对传布天主教从未表示过兴趣。此后，只有荷兰人和中国人得到通商的许可，不过通商仅限于长崎港的弟子麻小岛上，并受到严格的限制。这一孤立主义政策到1636年被进一步扩大到日本臣民中，禁止日本人出国，违者处死刑。为了加强这一禁令，幕府还对造船业加以限制，仅允许建造适于沿海贸易的小船。这样，开始了日本长达二个多世纪的闭关自守时期。 

    制定这一排斥所有外来影响、保持国内现状一尘不变的政策，是为了使德川幕府的统治永存。实际上，这一政策是非常有效的。日本再度统一，并象法国大革命以前任何欧洲国家那样，受到中央集权制政府的彻底、有效的政治控制。但是，为了这种安全和稳定，日本付出了沉重代价。日本没有经历到西欧在这一时期中所经历的种种使自己充满活力的历史变革运动；在日本，封建制度仍在继续，没有宗教改革运动或反宗教改革，没有海外扩张，也没有商业革命。对日本人来说。和中国人一样，两个世纪的令人宽慰的闭关自守的代价是，制度和科学技术方面落后了。这一点，在19世纪中叶欧洲人强行闯入与世隔绝的东亚世界时，变得非常明显；而且，这种明显对日本人来说，较之对中国人来得更快。