七月，礼部尚书洪承畴等人上疏立太子，朱由校不喜欢嫡长子朱慈煊，试图立朱慈烺为太子，遭群臣反对。

    朱由校与群臣争论达十五年之久，直到天启三十年（1680），皇长子朱慈煊才被封为太子，而朱慈烺则被封为福王，就藩北洲。

    天启三十二年五月初十，朱由校以七十三岁的年纪驾崩于大明宫，皇太子朱慈煊即位。

    五月十七，朱由校在停灵七日后被下葬天寿山德陵，庙号肃宗，谥号顺天圣明端仁政宽大孝惠皇帝。