有喝道而来，前后夹以军队卫护，势颇轩盛，温认为一定是李准，乃待官轿抬近时，突然拔出手枪，推开夹轿的军队，直向轿内轰击。军队发现刺客竟作鸟兽散，轿夫也弃轿而逃。温生才从从容容再向轿内连发三枪，怎知轿中人不是李准，却是驻防将军孚琦当场被击毙。温乃向东校场口积厚街遁去，守卫巡警郑家森尾随之，沿途邀集侦探队黄熙材、巡警陈金、周定祁等追捕，遂将温逮捕。初刑讯于番禺县署，继刑讯于营务处，最后由两广总督张鸣岐集大吏亲审，张问：“何故暗杀？”温答：“不是暗杀，是明杀。”张问：“何故明杀？”温答：“清廷无道，日招外侮，都是你们这些官吏无用，杀一孚琦虽然无济于事，但可为天下先。我和孚琦无私仇，完全为了救民族而为。”张问：“有无同谋？有无主事人？”温答：“完全是我一人。”三月十六日军机大臣电张鸣岐，奉旨将温生才正法，于是在三月十七日温生才遂被处斩于东门外咨议局前孚琦被刺的地方。

    革命党人初意是要把李准杀死，因为大家都认为李准对革命党人压制最力，亦最狡诈，除去李准后，在广州起义比较容易，怎知暗杀计划一误于冯忆汉，迨温生才挺身独任其事，却又误杀孚琦。孚琦是驻防将军又是满人，杀了他也足以使清廷丧胆了。

    温生才后来被葬在红花岗，是红花岗四烈士之一。