、收服了大量部落之后，问题开始集中爆发。

    首先是新附部落与九黎本部，以及新附部落之间的矛盾。蚩尤给予归附部落一定的自治权，这本是明智之举，但他却没有建立起一套有效的、超越部落界限的仲裁与协调机制。当不同部落因为水源、耕地、牧场、狩猎区、交易利益等发生纠纷时，往往各执一词，互不相让。九黎派出的管理者，大多也是勇武的将领，习惯用强硬的命令甚至武力威胁来解决问题，结果常常是压服一方，却埋下更深的怨恨，或者引发更大的冲突。有些部落表面臣服，私下里却小动作不断，相互劫掠、攻讦之事时有发生。

    其次是资源分配与内部治理。战争掠夺和归附部落的贡赋带来了大量财富与物资，但这些资源如何公平地分配，以维持联盟的向心力？蚩尤的做法更倾向于赏赐作战勇猛的将领和本部核心成员，对于普通士卒和归附部落的普通民众，则关注较少。这导致底层士卒不满，归附部落的民众觉得未被平等对待，离心倾向滋生。而在内部治理上，九黎本部也出现了骄纵享乐、欺压弱小的现象，蚩尤忙于征战和应付各方首领，对此虽有察觉，却未下决心大力整顿，认为这些都是“小节”。