和尚可喜攻下广州。

    顺治十七年七月，命令转移镇守福建。

    当时郑成功占据金门岛，劫掠闽浙地区，耿继茂既然已经转移镇守，和总督李率泰共同谋划征伐剿灭，屡次上奏胜利的消息。

    康熙元年，耿继茂侦知郑成功以狂疾死，其子郑锦自袭伪延平王，贼党嫌隙渐生，遵旨相机剿抚。

    寻招降郑成功族兄、伪总管郑泰，郑泰遣伪中军杨来嘉赴漳州献其伪敕印。

    郑成功弟郑世袭、伪都督郑赓、杨富、陈宗率伪官数百、兵众数千降。

    康熙二年十月，耿继茂同李率泰督兵渡海，攻克厦门，贼众惊溃。

    水师提督施琅以所募荷兰国夹板船邀击之，斩级千余，乘胜取浯屿、金门二岛。

    郑锦与伪侯周全斌等遁走铜山，复纠贼众突犯云霄、陆鳌诸卫，总兵王进功率兵与战，斩杀过半，破贼巢於下蔡，逸贼悉堕水死。伪将张杰、吴盛率兵民来归。

    康熙三年三月，耿继茂复与李率泰、王进功及海澄公黄梧统兵至八尺门，由海道拔铜山贼巢，郑锦集舰数十遁台湾，余贼或斩或降，获战舰军器无算。

    捷闻得旨嘉奖，复加岁俸千两。

    康熙十年正月，他如那风中残烛般，疏陈自己的病情已至危重，恳请以长子耿精忠代理藩务，此请犹如那久旱甘霖，得旨俞允。

    可以说耿仲明和耿继茂二人，为大清统一中华，立下了汗马功劳。