真宗皇帝下诏同意。

    同年五月，王旦再次因病请辞，宋真宗皇帝赵恒改加他为太尉兼侍中，五天一次前往起居院，到中书省，遇到军国大事，不限时前往参决。王旦上疏恳辞，又委托向敏中等奏请报告。真宗才下诏停止增加封邑一事，其余礼遇如旧。

    七月某一日，宋真宗皇帝赵恒召见王旦入滋福殿，殿中无有别人，唯王旦独对。

    宋真宗皇帝看见他形色甚癯，不禁黯然道：“朕方欲托卿重事，不意卿疾若此，转滋朕忧。”

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    说着，宋真宗皇帝赵恒即唤内侍召皇子出来，及皇子赵受益登殿，宋真宗命太子赵受益拜王旦。

    王旦慌忙趋避，皇子赵受益随拜阶下，王旦跪答毕，起言：“皇嗣盛德，自能承志，陛下何必过忧。”

    王旦乃迭荐寇准、李迪、王曾等数人，可任宰辅，自己力求避位。

    宋真宗皇帝乃允他罢相，仍命领玉清昭应宫使，兼职太尉，给宰相半俸。

    宋真宗皇帝寻又命肩舆入朝，王旦不敢辞，力疾入内廷。

    朝廷有旨命王旦之子王雍与内侍扶掖进见。

    宋真宗皇帝委婉地问道：“卿今疾亟，万一不讳，朕把这国事付与何人？”

    王旦答道：“知臣莫若君，唯明主自择。”

    宋真宗皇帝固问道：“卿不妨直陈！”

    王旦举笏奏道：“依臣愚见，莫若寇准。”

    宋真宗皇帝赵恒摇首道：“寇准性刚量狭，他尝说卿短处，卿何故一再保荐？”

    王旦答道：“臣蒙陛下过举，久参国政，岂无过失？寇准事君无隐，臣所以说他正直，屡行荐举。他人非臣所素知，恐臣病困，不能久侍了。”

    此等处不愧名相。

    宋真宗皇帝乃命人掖王旦出殿门，上舆而去。

    宋真宗皇帝终未信王旦建议之言，竟然任王钦若为同平章事。

    王钦若从前入朝，必预备奏牍数本，但伺宋真宗皇帝意旨，方出奏章，余多怀归。

    枢密副使马知节素来嫉恨王钦若，尝在宋真宗皇帝前顾他说道：“怀中各奏，何不尽行取呈？”

    王钦若闻言，未免失色。

    王钦若但力言马知节虚诬，马知节亦抗争不屈，嗣是两人结成嫌隙，往往面折廷争。

    马知节退见王旦，犹恨恨地说道：“本欲用笏击死这贼，但恐惊动君上，未敢率行。此贼不去，朝廷没有宁日呢。”

    也是一个硬头子，所以不肯略去。

    宋真宗皇帝因两人时常争执，索性一律罢免。

    王钦若出枢密院，马知节徙为彰德留后。

    至此因王旦免相，复念及王钦若，仍拜为枢密使，进任同平章事。

    王钦若貌状短小，脖子上长有赘瘤，当时人称之为“瘿相”，他却哓哓语人道：“为了王子明，迟我十年做相。”

    言下尚有愠色。

    王子明为谁？就是王旦的表字。

    王旦闻王钦若入相，愈加悔愤，病遂加剧。

    王旦病重后，宋真宗皇帝派内侍探望一天有时达三四次，宋真宗亲手和药，并同山药粥赐给他。

    王旦无甚奏对，只说是负陛下恩。

    悔无及了。

    及王旦弥留之际，邀请杨亿入室，托撰遗表，且语杨亿道：“我忝为宰辅，抱歉甚多，遗表中只叙我生平遭遇，感谢隆恩，并请皇上日亲庶政，进贤黜佞，庶可少减焦劳，切不可为子弟求官，徒滋后累。君系我多年好友，所以托办此事呢。”

    杨亿如言撰就，请王旦亲自阅。

    遗表呈上后，宋真宗赵恒为之感叹，便前往王旦的府第，赐银五千两。

    王旦上奏辞谢，遗嘱稿子末尾自加四句说：“更加害怕多藏财物，况且没有什么用处，现在想要散发施予，以平息罪责祸害。”

    王旦马上让人抬他到宫内小门，宋真宗下诏不准。

    王旦尚窜易数语，并召子弟等入室内嘱咐道：“我家世清白，槐庭旧德，幸勿遗忘！此后当各持俭素，共保门楣，我自问尚无大过，只天书虚妄，我不能谏阻，徒自滋愧，死后可削发披缁，依僧道例殓葬，或尚可对我祖考呢。”

    与当时许多士大夫一样，王旦一生敬信佛教，其为人处世受佛教影响很大。释省常在西湖结净行社，以王旦为首的士大夫，皆称净行社弟子，比丘参与者千众。

    王旦临终时嘱托同样笃信佛教的杨亿依僧制将自己火化。

    言已，王旦瞑目而逝。

    原来王旦之父王佑，曾事宋太祖、宋太宗，为兵部侍郎，平生颇有阴德，尝在庭中手植三槐，自言后世子孙应作三公，故王氏称为三槐堂。